Bodrum Kalesi içinde yer almakta olup dünyanın en önemli sualtı arkeoloji müzelerinden birisi olarak kabul edilmektedir. Bodrum'da gezilecek ve görülecek en popüler yerlerden birisidir.
Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi bünyesinde 14 adet sergi salonu bulunmakta olup dünyanın en zengin Doğu Akdeniz amforaları koleksiyonuna sahiptir. Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi'nde Yassıada, Şeytan Deresi ve Serçe Limanı batıkları da sergilenmektedir.
Müzede sergilenen dünyanın en eski batık gemi kalıntısı da görülmeye değer önemli eserlerdendir. Serçe Limanı Cam Batığı Salonu'nda sergilenen bu batık, 1025 yılında batan teknenin kendisidir. Bu tekneden 3 ton kırık ve sağlam cam çıkarılmıştır. Ayrıca dünyanın en büyük İslam Cam Koleksiyonu da yine burada sergilemektedir.
